Джуни (Дэрил Сабара) и его старшая сестра Кармен (Алекса Вега) еще предыдущими своими приключениями доказали, что они не только могут помогать своим родителям-шпионам, но и могут самостоятельно справляться с делами, достойными настоящих шпионов. На этот раз не их родителям, Грегорио (Антонио Бандерас) и Ингрид (Карла Гуджино), а самим Джуни и Кармен предстоит выполнить новое задание. Они отправляются на таинственный остров, где один ученый-изобретатель создает сверхъестественные существа. Джуни и Кармен должны остановить безумного злодея, однако в этом задании у них есть конкуренты - брат и сестра Гари и Герти. У этих двух конкурирующих шпионских дуэтов одна цель - найти и уничтожить устройство, которое может нанести непоправимый вред всему миру. Это задание оказывается слишком сложным для юных шпионов, которым на помощь приходят их родители и дедушка с бабушкой...