Сюжет, как и подобает картине такого рода весьма прямолинеен. Похищен вирус Химера из секретной лаборатории. Причем, подозрение на "дело" падает на собственного агента Шона Амброуза. Команда Итана Ханта, в которую привлекает и бывшую любовницу Шона - Найю, должна определить, что произошло и вернуть пропажу. Босса Круза (Итана Ханта) исполняет Энтони Хопкинс. Найю играет Тенди Ньютон. "Плохого парня" - Шона Амброуза, который, действительно, угробил самолет с пассажирами на борту, только ради того, чтобы добыть противоядие к вирусу и сам вирус, - Дугрей Скотт. По ходу расследования Найя внедряется в организацию Скотта, а Круз распутывает дело фармацевтической компании, босс которой, готов инициировать эпидемию Химеры, чтобы заработать на продаже лекрства. Собственно, все. Круз прилегкой помощи еще двух агентов лично должен разрубить этот узел, что он и пытается сделать своими голыми руками, ну с двумя зажатыми в них пистолетами, конечно. Простенько? Сюжет здесь не главное, поверьте...