Два года спустя после того, как Тайная корпорация распалась из-за возникших противоречий Скуби-Ду и его сообразительных приятелей, раскрывших не одно преступление, Фреда (Фредди Принц-младший), Дафну (Сара Мишель Геллар), Шэгги (Мэтью Лиллард) и Велму (Линда Карделлини), по одиночке вызывают на Зловещий остров, чтобы они начали расследование серии паранормальных явлений, происходящих в Спринг-Брейк. Опасаясь, что его невероятно популярный курорт на самом деле может быть населен привидениями, владелец Зловещего острова Эмиль Мондавариус (Роуан Аткинсон) пытается воссоединить легендарных детективов, чтобы те разрешили загадку, пока сверхъестественная тайна не распугала всех отдыхающих студентов. Скуби-Ду и его команде придется преодолеть личные разногласия и по-новому взглянуть на мнимых вампиров и нереальных привидений. И все это, чтобы распутать дело, спасти самих себя, а возможно... и весь мир...